Sesuai dengan statuta 2015 pada BAB VII tentang Tata Kelola, disebutkan bahwa
organisasi di El Rahma terdiri dari Badan penyelenggara yaitu YAYASAN EL RAHMA YOGYAKARTA dan Pelaksana Akademik yaitu STMIK EL RAHMA YOGYAKARTA

ORGANISASI BADAN PENYELENGGARA : YAYASAN EL RAHMA YOGYAKARTA

Pembina                                  : Drs. ZZ Sudarno, MM
Pengawas                                : Yulaikha, A.Md

Ketua                                       : Dra Hestina Sari Dyah Citaningwang
Sekretaris                                : Khamila Nurul Haqqi
Bendahara                              : Desy Ekowati Listia Dewi, A.Md

Pelaksana Harian                    : Aris Badaruddin Thoha, S.Ag., M.Ag

ORGANISASI PELAKSANA AKADEMIK : STMIK EL RAHMA YOGYAKARTA

Ketua                                       : Eko Riswanto, S.T., M.Cs
Wakil Ketua Bid. Akademik    : Momon Muzakkar, S.T., M.Eng
Wakil Ketua Bid. Non Akdmik : Suparyanto, S.T., M.Eng

Ketua LP2M                            : Andri Syafrianto, S.Kom. M.Cs
Ketua LPM                               : Asih Winantu, S.Kom., M.Cs
Kepala UPT                              : Sugiyatno, S.Kom, M.Kom

Kaprodi TI (S1)                        : Wahyu Widodo, S.Kom, M.Cs
Kaprodi SI (S1)                        : Herdiesel Santoso, S.Kom, M.Cs
Kaprodi MI (D3)                      : Minarwati, S.T., M.Cs

KETUA SENAT AKADEMIK      : Dedy Ardiansyah, S.Sos., M.AB